امام در جهان بینی و اندیشه و در روش و عمل استقلال داشت و در قالبهای موجود نمی گنجید . مهندس بازرگان در مصاحبه ای با حامد الگار که در آذرماه 58 صورت گرفته در مقام انتقاد از امام میگوید :

 " خمینی یک آدمی است که اصلا زیر بار سیستم مدیریت ،به آن معنا که ما میفهمیم نمیرود . حال ما متهم هستیم به اینکه غربزده هستیم ، سیستم حزبی ،متدیک ،کارتزین ،لوژیک .......مثلا دکتر یزدی یک ناراحتی داشت و میگفت ما هر چی گردنش میگذاریم که آقا بالاخره شما در مقام یک رهبر کل، نمیدانم یک رئیس جمهور ،از رئیس جمهور بالاتر هستید ، دفتری داشته باش ، سخنگوئی داشته باش که اقلا مردم تکلیفشان را بدانند ....ایشان قبول نمیکرد ....حالا باز هم همین طور است ."

این روش متفاوت و این تفرد را نباید به معنی استبداد دانست ، مخالفت او با آراء غربیان و روشهای غربی متعارف در سیاست و انقلاب نیز نباید به معنی سرکشی و ستیزه جوئی بی دلیل یا نوعی آنارشیسم تلقی شود .خوب است در این باب هم نظر بازرگان را درهمان مصاحبه انتقادی بشنویم :

"البته آقای خمینی کم صحبت و خیلی خشک است .شاید با ملاها بحث کند اما اهل اینکه بنشینیم استدلال و تجزیه و تحلیل سیاسی بکنیم نیست .حرفی میزند ، نظرش را میگوید ، قاطع هم هست . زود تصمیم میگیرد . ضمنا این حسن را دارد که لجاجت هم ندارد . اگر تصمیمی که گرفته ،مبدا متقاعدش کنند که درست نبوده ابا ندارد ،می پذیرد و میگوید که من اشتباه کردم . ایمان و تقوا و توکلش هم خیلی زیاد است .یعنی آنچه را واقعا فکر میکند که حکم اسلام ، حکم خدا و قانون اسلام است در آن هیچ ملاحظه ای ندارد که ممکن است اشخاص بدشان بیاید یا حتی به لحاظ تبلیغ اسلام هم بد باشد و مثلا طرف نظر مخالفی اتخاذ کند یا حتی به ضرر مصالح باشد ، نه ، عقیده اش این است که حق این است و حق هم پیروز است . حال دیگران هر چه میخواهد بگویند ........"

استقلال امام و امتیاز و تفاوتی که در اندیشه و عمل نسبت به دیگر رهبران انقلابی و رجال سیاسی داشت ، در واقع ،برخاسته از شناخت او نسبت به اسلام و ایمان وی به حقانیت و کارائی این مکتب بود .او در اسلام ذوب شده بود و در نتیجه همان استقلال و تشخص و تفردی که در اسلام به عنوان یک دین و مکتب ،وجود دارد در وجود او نیز متجلی شده بود .آنچه برای او اصل بود مخالفت با دیگران نبود ،بلکه وفاداری به اسلام و موافقت و متابعت از اصول و ارزشها و آرمانهای اسلام برای او اصل بود و اگر در این وفاداری . متابعت ، بعضی آراء او با آراء دیگران موافق می افتاد باکی نداشت ، چنانچه اگر مخالف هم می افتاد هیچ گونه وحشتی از این حیث به دل راه نمیداد .......................ادامه دارد ......